Tidak lama selepas Anwar dipecat sebagai Timbalan Perdana Menteri oleh Perdana Menteri ketika itu Mahathir Mohamad, beliau dan penyokongnya memulakan gerakan Reformasi. Ia terdiri daripada beberapa demonstrasi besar-besaran dan perhimpunan menentang kerajaan campuran lama Barisan Nasional. Pada Sidang Kemuncak APEC 1998 di Kuala Lumpur, Naib Presiden Amerika Syarikat, Al Gore, memberi ucapan menyokong Anwar dan gerakan reformasi di hadapan Perdana Menteri Malaysia dan perdana menteri Asia Pasifik yang lain.

Reformasi membawa kepada pembentukan sebuah parti berasaskan kaum baru yang dinamakan Parti Keadilan Nasional. Pada tahun 1999, pilihan raya umum diadakan. Parti Keadilan Nasional yang baru, Parti Islam Se-Malaysia (PAS), dan Parti Tindakan Demokratik (DAP) membentuk Barisan Alternatif, dalam inisiatif gabungan untuk menggantikan kerajaan campuran berdiri Barisan Nasional (BN). Pada Ogos 2003, Parti Keadilan Nasional bergabung dengan Parti Rakyat Malaysia untuk membentuk Parti Keadilan Rakyat (PKR) yang diketuai oleh isterinya, Wan Azizah sebagai presiden. PKR membuat keuntungan yang besar dalam pilihan raya umum 2008, memenangi 31 kerusi dan menjadi parti pembangkang terbesar di Parlimen. Pada April 2008, PKR, PAS dan DAP membentuk sebuah pakatan baru yang dinamakan Pakatan Rakyat.[31]